細菌性結膜炎は、病原体の種類によって発症のスピード、程度が様々ですが、眼瞼結膜（眼瞼の裏面）に充血・眼脂・異物感などを生じます。眼脂は粘液膿性のものを認めます。 流行性角結膜炎は、約１週間の潜伏期の後に、強い充血・かゆみ・眼脂・眼の異物感・流涙・まぶしさを認めます。また耳前リンパ節の腫脹と圧痛を伴うことがあります。片眼性であっても、数日以内に対眼にも発症することが多いです。一般的に予後は良好で、２週間で自然治癒します。

細菌性結膜炎は細菌感染によって発症する炎症で、ブドウ球菌によるものが多いとされています。 流行性角結膜炎は、アデノウイルス感染によるものです。アデノウイルスは非常に強いウイルスで、同時に感染力も非常に強いため、たとえば感染者が眼をこすった後に、電車のつり革などに触れると、そこにウイルスが残存し、それに触れた人がその手で眼をこすると感染してしまいます。 また症状が発症するまでに潜伏期間が１週間あり、その間に接触した人にも感染している可能性があります。

細菌性結膜炎では、眼脂を培養し、菌の同定・薬剤感受性試験を行うことがあります。 流行性角結膜炎では、結膜に存在するアデノウイルス抗原を検出するキットが広く利用されていますが、感度は７０〜８０％程度であり、陰性であるからといって流行性角結膜炎を完全否定できるわけではありません。

細菌性結膜炎では、原因菌の検索結果に基づいた抗菌点眼薬により速やかに改善します。 流行性角結膜炎では、アデノウイルスに対する有効な薬はないため、対症療法が主となります。強い炎症反応を抑制し、症状の軽減を図るためステロイド点眼を行い、同時に、二次的な細菌感染を予防するために抗菌点眼薬を使用します。 しかし、この場合の点眼は細菌性に比べ著効するわけではないため、点眼を開始しても治癒するには２週間要します。手指の洗浄・消毒を行い、タオルなども家族と別にすることによって感染拡大を予防することも大切です。