腎・尿管に感染をおこす上部尿路感染症は、発熱、腰や背中の痛み、嘔吐・下痢の症状を示します。乳幼児では発熱や機嫌が悪いだけの場合もあります。 膀胱・尿道に感染をおこす下部尿路感染症は、下腹部の不快感やおしっこをする時の痛み、尿が残った感じで何度もトイレに行くなどありますが、発熱は認めません。

大腸菌をはじめとする腸内にいる菌が、尿道口から入って膀胱や腎臓に上がってくることが原因で起こります。 乳幼児期には、包茎や膀胱尿管逆流（尿が膀胱から腎臓に逆流する）などの奇形を合併しやすい男児に多く、幼児期以降は尿道の短い女児に多くみられます。 ひどい便秘もきっかけとなります。

診断のために、中間尿やカテーテルを用いた採尿で、尿中の白血球や細菌を確認します。原因となる菌を調べるために尿の培養検査もします。 他に血液検査で、末梢血白血球数や炎症反応をみたり、腎臓、尿管や膀胱に奇形があるかどうか、腹部超音波検査や画像検査、尿路の造影検査などを行います。

1歳未満では上部尿路感染症に敗血症を合併する事が多いので、原則としては入院の上で、抗菌薬（抗生物質）の点滴投与を行います。 有効な抗菌薬の使用で、2日以内に解熱し全身状態も改善します。静脈と経口の抗菌薬の治療期間はあわせて１−２週間が目安ですが、年長児ではそれよりも短く済むことがあります。再発の危険があるため、定期的な尿検査が必要です。奇形が明らかな場合は、初期治療後に抗菌薬の少量予防投与を行うこともあります。