下痢、腹痛、体重減少、貧血などが主な症状で、発熱や肛門症状（肛門痛・痔瘻など）の訴えも多くみられます。特に20-30歳代の若い人に、これらの症状が数週間から数カ月みられるとクローン病の可能性があります。症状は自然によくなったり、悪くなったりを繰り返します。腸が狭くなって腸閉塞をおこしたり、炎症で腸管と皮膚や他の臓器がつながってしまうことがあります。

明らかな原因は不明ですが、遺伝的要因・環境因子（食事・感染・薬品など）・腸内細菌などの多因子による複合的な要因から免疫異常がおこって発症すると考えられています。

好発部位は小腸と大腸のつなぎ目（回盲部）近傍で、小腸と大腸の検査としてX線による注腸造影検査や小腸造影検査、大腸内視鏡検査や小腸内視鏡検査があります。この病気は消化管のどの部位にもおこりますので、食道・胃の検査が必要になる場合があります。その他、炎症の拡がりぐあいを見るためにCT、超音波検査などを行う場合があります。

まずは内服薬や薬剤の点滴などの内科的治療を行います。病状を悪化させている免疫細胞を取り除く治療を併用することがあります。これらの内科的治療で良くならない場合には、外科手術（痔瘻手術・狭窄部拡張・狭窄部切除など）を行うことがあります。